A través del proyecto Reforma al Organismo Judicial, el Banco Mundial contribuye a promover medidas destinadas a incrementar la efectividad de la justicia, a través de un proceso participativo que involucra a jueces y usuarios. Entre los resultados sobresale la creación de 24 centros de mediación de justicia, ubicados en el interior del país. Estos centros apoyan el sistema de justicia en la resolución de conflictos y disputas extrajudiciales de toda índole, brindan atención personalizada con principios éticos y garantizan confidencialidad del proceso. Del 2002 al 2004 se mediaron más de 9,000 casos. El Banco también apoya el trabajo de la Defensoría de la Mujer Indígena (DEMI), que tiene como fin último reducir el círculo de violencia doméstica. Por medio de una donación otorgada a esta institución, se brindan capacitaciones en materia de justicia formal y del derecho indígena para líderes adscritas a la DEMI.

Otra iniciativa dentro del área de justicia es la alianza con CARITAS Guatemala, con quien se desarrolla un modelo participativo de resolución de conflictos locales, basado en valores y principios comunitarios, mecanismos democráticos y conciliadores. Este proyecto denominado "Paz y Desarrollo en Baja Verapaz", fomenta un espacio para el diálogo entre actores rurales, gobierno municipal y central a través de conferencias a nivel local y regional para discutir la agenda de desarrollo de la zona, entre otros.